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De l’alimentation fermentée au microbiote urbain

Longtemps délaissée au profit de la congélation, la lacto-fermentation fait son grand retour dans nos armoires et sur les tables de restaurants. Elle conserve les aliments, tout en les enrichissant en vitamine C et en entretenant notre microbiote intestinal.

Du miso japonais à la choucroute bernoise en passant par le hareng scandinave: aux quatre coins de la planète, les produits fermentés font partie de l’alimentation quotidienne. Depuis 2013, le kimjang, nom donné en Corée à la méthode de préparation du kimchi, un mélange conçu à base de chou fermenté et d’épices, a même fait son entrée au patrimoine culturel immatériel de l’Unesco.

À ces pratiques ancestrales, de grands chefs donnent un nouveau lustre, à commencer par l’un des plus cotés d’entre eux, René Redzepi, le patron du Noma, à Copenhague, classé meilleur restaurant du monde en 2014 par la revue Restaurant. Le cuisinier a publié un guide de la fermentation en 2018, The Noma Guide to Fermentation, qui détaille les techniques de la fermentation et présente différentes recettes permettant au lecteur de réaliser ses propres bocaux. Autre exemple: l’un des nouveaux étoilés du guide Michelin, le NE/SO, à Paris, ne propose que des plats réalisés à partir d’aliments fermentés un an plus tôt. Outre l’essor des restaurants spécialisés, de nombreux établissements et cuisiniers indépendants proposent des ateliers afin de perfectionner ou d’apprendre cette méthode pour conserver les aliments.

Si d’autres types de fermentation existent (voir encadré), la plupart des cours ouverts au public enseignent la lacto-fermentation, qui se produit naturellement lorsqu’on place des aliments dans un bocal sans oxygène avec de l’eau et un ajout éventuel de sel. Elle tire profit des bactéries lactiques naturellement présentes dans les aliments. Les lactobacilles opèrent une transformation des sucres contenus dans les aliments en acide lactique. La substance obtenue agit ensuite comme agent de conservation, en faisant baisser le taux de pH contenu dans le mélange. Surtout, elle enraye le développement des bactéries pathogènes responsables du pourrissement. Déclenchée par l’absence d’oxygène, cette opération se poursuit jusqu’à ce que tous les sucres contenus dans les aliments (fruits, légumes, laitages, etc.) soient transformés. Pour ralentir le processus, les bocaux contenant la préparation doivent être conservés au frais. «On obtient des produits dont la texture, les caractéristiques gustatives et la richesse nutritive varient énormément en n’ajoutant que de l’eau et du sel!», s’émerveille Adrien Mesot, qui partage son savoir au sujet des plantes sauvages et de la lacto-fermentation à l’École-club Migros.

Une méthode ancestrale

Dès l’Antiquité, sans connaissances précises de la transformation biologique qu’elle engage, différentes sociétés pratiquent la fermentation. Chez les Romains, par exemple, les aliments sont fermentés dans des fosses, ou des récipients en bois ou en terre afin de les conserver. En 1768, James Cook, lors de son voyage d’exploration de l’océan Pacifique, emporte sur son navire une quantité importante de chou fermenté. Si l’aliment possède l’avantage de pouvoir être conservé, et donc de nourrir les marins durant tout le voyage, celui-ci s’est aussi révélé protecteur. Aucun membre de l’équipage n’a en effet succombé au scorbut, une prouesse pour l’époque. C’est que le processus de transformation chimique qui intervient durant la lacto-fermentation a le pouvoir d’augmenter la teneur en vitamine C des aliments.

Les bienfaits des ferments

Quel sont les autres effets de ces ferments sur notre organisme et en particulier sur notre intestin, ce grand réservoir de bactéries ? À l’heure actuelle, les études dans ce domaine font état d’une meilleure assimilation des nutriments à travers la consommation de produits fermentés. «Il est important de désacraliser l’idée d’un aliment miracle aux vertus révolutionnaires, nuance Muriel Lafaille Paclet, diététicienne cheffe au sein du Service d’endocrinologie, diabétologie, métabolisme et nutrition clinique du CHUV. Mais il semble que le bienfait tiré de la consommation de produits fermentés soit lié à l’amélioration de la qualité et de la digestibilité des protéines, et à la manière dont ils favorisent l’absorption du fer et du zinc.»

L’engouement actuel pour les produits fermentés va de pair avec la valorisation du rôle du microbiote. En avril 2015, Giulia Enders, doctorante en médecine, publiait son best-seller «Le Charme discret de l’intestin». Dans cet ouvrage de vulgarisation scientifique, l’auteure permettait au grand public de découvrir l’influence d’un microbiote équilibré sur des problèmes physiques tels que le surpoids et les allergies. De manière moins attendue, l’auteure parle également de son rôle possible dans des maladies d’ordre psychologique comme la dépression. En effet, les recherches récentes ont montré que l’intestin est doté de nombreuses connexions neuronales, ce qui l’assimile à un second cerveau. Le soin accordé au microbiote dépasserait donc la seule digestion, pour s’étendre à des effets bénéfiques sur le comportement et même sur l’immunité. La consommation de produits fermentés peut renforcer la diversité des bactéries intestinales et donc favoriser une bonne santé. D’autres facteurs comme la prise d’antibiotiques, l’âge et l’hérédité déterminent la qualité du microbiote. «À la naissance, si l’accouchement a lieu par voie basse, l’enfant reçoit un microbiote proche de celui de sa mère», confirme Muriel Lafaille Paclet.

Le microbiote urbain

Des scientifiques et des chercheurs de divers horizons s’intéressent à ces foules de bactéries invisibles avec lesquelles nous vivons en symbiose. C’est le cas de Kevin Slavin, chef en science et technologie au centre culturel The Shed, à New York. Lors d’une conférence donnée à la Haute école d’art et de design de Genève en 2017, le spécialiste proposait d’élargir la réflexion sur le microbiote au-delà du corps humain. Trois facteurs définissent sa composition: l’héritage à la naissance, l’alimentation, mais aussi, et surtout, tout ce que nous touchons et respirons. À partir de cette dernière idée, le chercheur s’est employé à cartographier le microbiote urbain de New York, qui est conditionné par ses habitants et les bactéries qui s’échappent de leur corps par la peau et les muqueuses. Ses comparaisons entre stations de métro ont notamment permis de démontrer qu’une bactérie spécifique était présente en nombre dans la station du quartier coréen. Le lien a été rapidement établi: il s’agit d’une bactérie présente dans le kimchi, abondamment consommé par la population originaire de la péninsule.

Si l’on ignore encore l’impact précis d’une telle bactérie sur le système digestif, l’intérêt transdisciplinaire actuel pour le microbiote promet de belles perspectives pour la compréhension du fonctionnement de notre organisme. Ces recherches permettent également de rappeler que le corps est poreux, en interaction directe avec son environnement. Et, comme le rappelait Kevin Slavin dans sa conférence à Genève, qu’une partie non négligeable de ce qui compose l’être humain est d’origine non humaine (1014 bactéries pour un poids d’environ 2 kg par personne), ce qui conduit à repenser notre corps comme un écosystème.

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Fermentation et commerce
Dans les grandes surfaces, les aliments lacto-fermentés sont rares. La pasteurisation ou la conservation dans le vinaigre ne préservent pas les qualités nutritives qui sont attribuées aux produits lacto-fermentés.

Dysbiose
On parle de dysbiose lorsque les qualités et les fonctions du microbiote sont altérées. Ce dysfonctionnement suscite de plus en plus l’intérêt des chercheurs, qui tentent de comprendre l’origine de certaines maladies, comme celle de Crohn, une maladie auto-immune qui cause une inflammation de l’intestin.

Bactéries et levures
Le principe de base de la fermentation est la transformation des sucres en gaz divers ou en acides lactiques. Contrairement à la lacto-fermentation réalisée par des bactéries, la fermentation alcoolique, qui intervient dans la production de vin et de bière, s’effectue par l’ajout de levures – des champignons unicellulaires – qui transforment les sucres du moût en éthanol. La fermentation acétique qui produit le vinaigre s’effectue, elle, grâce à l’action d’une colonie de bactéries qui forment un biofilm, qu’on nomme communément la mère de vinaigre. D’autres aliments comme le kéfir turc sont obtenus par l’emploi de levains constitués de levures et de bactéries lactiques.

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Une version de cet article réalisé par LargeNetwork est parue dans In Vivo magazine (no 17).

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