![\"Large120416.jpg\"](\"\/wp-content\/uploads\/201408\/Large120416.jpg\" "\\"Large120416.jpg\\"")
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Professeur au sein du D\u00e9partement de microbiologie de l\u2019Universit\u00e9 de Hong Kong, Patrick Woo s\u2019est donn\u00e9 pour mission de d\u00e9couvrir de nouveaux virus capables de passer de l\u2019animal \u00e0 l\u2019homme. Il a fait partie de l\u2019\u00e9quipe qui a d\u00e9couvert le virus du syndrome respiratoire aigu s\u00e9v\u00e8re (SRAS) \u00e0 l\u2019origine d\u2019une \u00e9pid\u00e9mie en 2003. Il raconte sa qu\u00eate, alors que le H5N6, un nouveau virus mortel de la grippe, fait ses premi\u00e8res victimes en Chine. Interview.<\/p>\n
Comment cherchez-vous de nouveaux virus?<\/strong><\/p>\n Je parcours Hong Kong, la Chine et d\u2019autres pays \u00e0 la recherche d\u2019\u00e9chantillons animaliers et humains \u00e0 analyser en laboratoire. Je me focalise sur les coronavirus, (une famille comptant un grand nombre de virus qui peuvent provoquer des maladies tr\u00e8s diverses chez l\u2019homme, ndlr), ce qui me pousse \u00e0 privil\u00e9gier les esp\u00e8ces porteuses de ce genre de virus, comme les chauves-souris. Je concentre en outre mes efforts sur les animaux qui sont le plus en contact avec les humains. Il arrive aussi qu\u2019un h\u00f4pital m\u2019avertisse lorsqu\u2019il a un patient avec une pneumonie dont la cause virale n\u2019a pas pu \u00eatre identifi\u00e9e par les examens de laboratoire, car elle ne ressemblait \u00e0 aucun virus connu. On va alors pr\u00e9lever un \u00e9chantillon sur ce malade pour l\u2019analyser.<\/p>\n Comment analyse-t-on ces \u00e9chantillons? <\/strong><\/p>\n Il y a deux fa\u00e7ons de les \u00e9tudier. La premi\u00e8re consiste \u00e0 utiliser une technologie mol\u00e9culaire traditionnelle. On va se servir d\u2019une s\u00e9quence d\u2019ADN hautement conserv\u00e9e pour amplifier certains fragments du g\u00e9nome du virus. Cela permettra de s\u00e9quencer ces morceaux d\u2019ADN. Une autre approche plus r\u00e9cente, la m\u00e9tag\u00e9nomique, a pour but de s\u00e9quencer l\u2019ensemble du mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique contenu dans l\u2019\u00e9chantillon qui nous int\u00e9resse. Dans les deux cas, on va ensuite confier ces s\u00e9quences d\u2019ADN \u00e0 un ordinateur pour qu\u2019il les analyse et examine si on a affaire \u00e0 un nouveau virus ou pas.<\/p>\n Comment proc\u00e8de-t-il pour rep\u00e9rer un nouveau virus? <\/strong><\/p>\n L\u2019ordinateur va comparer l\u2019ADN contenu dans nos \u00e9chantillons aux g\u00e9nomes de tous les virus connus. Ceux-ci sont r\u00e9pertori\u00e9s dans une base de donn\u00e9es am\u00e9ricaine appel\u00e9e Gene Bank, ouverte \u00e0 tous les chercheurs qui souhaitent y introduire une nouvelle s\u00e9quence d\u2019ADN. Cette analyse livrera une liste de virus dont le g\u00e9nome est semblable \u00e0 celui de nos \u00e9chantillons, ainsi que le pourcentage de similitude. A nous de d\u00e9terminer si celui-ci est suffisamment bas pour affirmer qu\u2019on se trouve bien en pr\u00e9sence d\u2019un nouveau virus.<\/p>\n Pouvez-vous nous donner un exemple de d\u00e9couverte r\u00e9cente? <\/strong><\/p>\n Suite \u00e0 l\u2019\u00e9mergence du coronavirus li\u00e9 au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), j\u2019ai d\u00e9cid\u00e9 de me rendre \u00e0 Duba\u00ef pour r\u00e9colter des \u00e9chantillons sur les chameaux, l\u2019animal \u00e0 l\u2019origine de la transmission \u00e0 l\u2019homme de ce nouveau virus. Leur analyse nous a permis de d\u00e9couvrir toute une s\u00e9rie de nouveaux virus chez les chameaux. L\u2019un d\u2019entre eux provoque une forme d\u2019h\u00e9patite E. Peu de temps apr\u00e8s, un cas de cette maladie a \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9 \u00e0 Singapour aupr\u00e8s d\u2019une personne qui avait subi une transplantation du foie. Or, ce patient consommait r\u00e9guli\u00e8rement du lait et de la viande de chameau. Il est impossible d\u2019affirmer, \u00e0 ce stade, s\u2019il existe une corr\u00e9lation entre ce comportement et l\u2019h\u00e9patite qu\u2019il a d\u00e9velopp\u00e9e, mais nous le soup\u00e7onnons.<\/p>\n Vous avez contribu\u00e9 \u00e0 la d\u00e9couverte du virus du SRAS. Racontez-nous comment vous avez proc\u00e9d\u00e9.<\/strong><\/p>\n Lorsque l\u2019\u00e9pid\u00e9mie est apparue il y a 12 ans, nous n\u2019en connaissions pas la cause. Nous nous sommes alors mis \u00e0 travailler sur des \u00e9chantillons r\u00e9colt\u00e9s sur plusieurs patients affect\u00e9s par cette maladie, notamment sur un homme qui s\u2019\u00e9tait rendu \u00e0 Hong Kong apr\u00e8s avoir l\u2019avoir contract\u00e9e en Chine. Nous avons cultiv\u00e9 le virus contenu dans son \u00e9chantillon sous forme de lign\u00e9e de cellules. Cela nous a permis d\u2019\u00e9tablir qu\u2019il s\u2019agissait d\u2019un nouveau coronavirus, puis de d\u00e9terminer sa structure g\u00e9n\u00e9tique.<\/p>\n Quelles ont \u00e9t\u00e9 les cons\u00e9quences de cette avanc\u00e9e? <\/strong><\/p>\n Au moment de l\u2019\u00e9mergence du SRAS, peu de chercheurs travaillaient sur la d\u00e9couverte de nouveaux virus. La culture du pathog\u00e8ne en laboratoire \u00e9tait la seule m\u00e9thode \u00e0 disposition \u00e0 cette \u00e9poque. Or celle-ci est lente et peu efficace. Certains virus sont tr\u00e8s difficiles \u00e0 cultiver sous forme de lign\u00e9e de cellules, car ils ont besoin d\u2019un organisme pour se reproduire. Mais suite \u00e0 cette \u00e9pid\u00e9mie, les scientifiques se sont rendu compte qu\u2019il y avait encore \u00e9norm\u00e9ment de virus dont on ignorait l\u2019existence et ont d\u00e9velopp\u00e9 des outils mol\u00e9culaires et m\u00e9tag\u00e9n\u00e9tiques, plus performants, pour les r\u00e9pertorier. Le nombre de nouveaux virus d\u00e9couverts a alors explos\u00e9. Avant 2003, on ne connaissait que deux coronavirus humains, d\u00e9couverts dans les ann\u00e9es 60. Mais rien qu\u2019en 2004 et 2005, on en a trouv\u00e9 deux autres, dont un \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Hong Kong.<\/p>\n O\u00f9 se trouvent les principales lacunes dans notre connaissance? <\/strong><\/p>\n Du c\u00f4t\u00e9 des coronavirus. Avant le SRAS, on n\u2019avait s\u00e9quenc\u00e9 le g\u00e9nome que d\u2019une dizaine de ces pathog\u00e8nes. Entre 2003 et aujourd\u2019hui, on en a d\u00e9couvert 20 \u00e0 30 autres. Mais on n\u2019en conna\u00eet encore qu\u2019une infime portion…<\/p>\n Sait-on comment les virus font pour passer de l\u2019animal \u00e0 l\u2019homme? <\/strong><\/p>\n Oui. Le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique d\u2019un virus \u00e9volue constamment, par mutations ou par recombinaisons. Parfois, ces transformations d\u00e9bouchent sur la modification des prot\u00e9ines contenues en son sein: elles d\u00e9veloppent la capacit\u00e9 de s\u2019arrimer aux r\u00e9cepteurs d\u2019une cellule humaine et la transmission de l\u2019animal \u00e0 l\u2019homme devient possible. Il arrive aussi que ce saut entre les esp\u00e8ces passe inaper\u00e7u. On a l\u2019impression d\u2019avoir affaire \u00e0 un nouveau virus, alors qu\u2019il se transmet \u00e0 l\u2019homme depuis belle lurette. C\u2019est le cas des deux nouveaux coronavirus humains d\u00e9couverts en 2004 ou 2005.<\/p>\n Comment fait-on pour passer \u00e0 c\u00f4t\u00e9 d\u2019un \u00e9l\u00e9ment d\u2019une telle importance?<\/strong><\/p>\n On ne sait de loin pas tout ce qui se passe dans nos h\u00f4pitaux et encore moins dans la population. Le virus \u00e0 l\u2019origine d\u2019une pneumonie est identifi\u00e9 dans moins de la moiti\u00e9 des cas. Dans les autres, on ignore ce qui a caus\u00e9 la maladie. Comme le patient s\u2019en remet en g\u00e9n\u00e9ral, on n\u2019investigue pas plus loin. Or, la plupart de ces pneumonies myst\u00e8res sont sans doute caus\u00e9es par des virus qui n\u2019ont pas encore \u00e9t\u00e9 r\u00e9pertori\u00e9s.<\/p>\n Et une fois un nouveau virus d\u00e9couvert, que peut-on faire? <\/strong><\/p>\n Cela d\u00e9pend du virus. S\u2019il se contente d\u2019infecter les animaux, sans doute rien. En revanche, si on a affaire \u00e0 un virus tr\u00e8s pathog\u00e8ne pour l\u2019homme, on va l\u2019\u00e9tudier pour comprendre comment il se transmet, comment il suscite la maladie et quels types de sympt\u00f4mes il provoque. A terme, cela devrait nous permettre de d\u00e9velopper un traitement et des outils diagnostiques ou de pr\u00e9vention.<\/p>\n Avez-vous un exemple? <\/strong><\/p>\n Il y a dix ans, nous avons d\u00e9couvert un nouveau coronavirus humain \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Hong Kong, intitul\u00e9 HKU1, qui \u00e9tait tr\u00e8s proche du virus de l\u2019h\u00e9patite chez la souris. Des chercheurs d\u2019autres pays ont alors commenc\u00e9 \u00e0 le chercher dans leurs populations. On l\u2019a trouv\u00e9 notamment aux Etats-Unis, en Australie et en France. Cette large distribution g\u00e9ographique a motiv\u00e9 la recherche d\u2019un traitement et d\u2019un diagnostic pour ce virus.<\/p>\n Comment pr\u00e9venir la diffusion d\u2019un nouveau virus?<\/strong><\/p>\n Lorsqu\u2019il n\u2019existe pas de vaccin ou de traitement prophylactique, la seule mani\u00e8re de s\u2019en pr\u00e9munir est de limiter l\u2019exposition aux vecteurs de la maladie. Par exemple, si on sait qu\u2019un virus est transmis par un moustique, on va encourager la population \u00e0 s\u2019en prot\u00e9ger. De m\u00eame, lors de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de SRAS, les autorit\u00e9s ont initi\u00e9 une campagne pour convaincre les gens de ne plus manger certains animaux sauvages, comme les civettes, \u00e0 l\u2019origine de nombreuses infections. Et lors de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de H5N1 en 1997, le gouvernement hongkongais a fait abattre tous les poulets de la ville.<\/p>\n Que sait-on du nouveau virus de la grippe H5N6?<\/strong><\/p>\n On en sait encore tr\u00e8s peu, car les premiers cas ont tout juste commenc\u00e9 \u00e0 appara\u00eetre. Il est encore trop t\u00f4t pour d\u00e9terminer comment il \u00e9volue chez l\u2019humain et avec quelle rapidit\u00e9. On ignore aussi quel est son r\u00e9servoir animal.<\/p>\n Comment ce nouveau virus de la grippe est-il n\u00e9? <\/strong><\/p>\n Le g\u00e9nome du virus de la grippe est segment\u00e9, c\u2019est-\u00e0-dire qu\u2019il se compose de huit morceaux d\u2019ADN diff\u00e9rents, contrairement \u00e0 celui des coronavirus qui est d\u2019une seule pi\u00e8ce. Il arrive donc fr\u00e9quemment que deux virus de la grippe s\u2019\u00e9changent des bouts de mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique lorsqu\u2019ils infectent la m\u00eame cellule. Par exemple, si le virus H1N1 rencontre le virus H2N3, ils pourraient s\u2019\u00e9changer de l\u2019ADN et former un virus H1N3, qui serait alors un nouveau virus. Ce ph\u00e9nom\u00e8ne de recombinaison g\u00e9n\u00e9tique se passe fr\u00e9quemment chez les oiseaux, qui sont le r\u00e9servoir naturel de la grippe. Et parfois, le nouveau virus qui na\u00eet de ces \u00e9changes peut se transmettre \u00e0 l\u2019homme, comme H5N6.<\/p>\n Tant le H5N6 que le SRAS et le H5N1 sont apparus dans le sud de la Chine. Y a-t-il une raison pour cela? <\/strong><\/p>\n PW On n\u2019a pas de certitudes, seulement des hypoth\u00e8ses. L\u2019une d\u2019entre elles a trait aux habitudes alimentaires de la population dans le sud de la Chine. Elle mange beaucoup de viande, mais privil\u00e9gie les aliments frais. Cela signifie que les march\u00e9s dans cette partie du monde abritent \u00e9norm\u00e9ment d\u2019animaux vivants, ce qui multiplie les risques de contacts entre l\u2019homme et le r\u00e8gne animal et donc les possibilit\u00e9s de transmission d\u2019un virus entre les esp\u00e8ces.<\/p>\n Qu\u2019est-ce qui vous a pouss\u00e9 \u00e0 vous int\u00e9resser \u00e0 la d\u00e9couverte de nouveaux virus? <\/strong><\/p>\n Lorsque j\u2019ai rejoint le D\u00e9partement de microbiologie de l\u2019Universit\u00e9 de Hong Kong, il y a 20 ans de cela, je me suis consacr\u00e9 \u00e0 l\u2019\u00e9tude des infections sur les patients ayant subi une transplantation de la moelle osseuse. Un jour, je suis tomb\u00e9 sur une bact\u00e9rie que nous ne parvenions pas \u00e0 identifier. J\u2019ai donc d\u00e9cid\u00e9 d\u2019utiliser une m\u00e9thode mol\u00e9culaire pour la r\u00e9pertorier. Cela m\u2019a donn\u00e9 envie de partir \u00e0 la recherche d\u2019autres bact\u00e9ries nouvelles. Je me suis servi pour cela des multiples \u00e9chantillons entrepos\u00e9s \u00e0 l\u2019h\u00f4pital, r\u00e9colt\u00e9s sur des patients infect\u00e9s par un pathog\u00e8ne inconnu. Ces \u00abarchives\u00bb m\u2019ont permis de d\u00e9couvrir 10 \u00e0 20 nouvelles bact\u00e9ries. Et lorsque l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de SRAS a frapp\u00e9 en 2003, j\u2019ai troqu\u00e9 les bact\u00e9ries pour les virus. BIOGRAPHIE<\/p>\n En 1997, Patrick Woo rejoint le D\u00e9partement de microbiologie de l\u2019Universit\u00e9 de Hong Kong. Huit ans plus tard, il identifie le rhinolophe, une esp\u00e8ce de chauve-souris pr\u00e9sente en Chine, comme la source de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de SRAS, et d\u00e9couvre le HKU1, un coronavirus humain qui provoque des pneumonies. En 2013, il se rend \u00e0 Duba\u00ef pour pr\u00e9lever des \u00e9chantillons sur des chameaux, ce qui lui permettra d\u2019identifier cinq nouveaux virus. Il r\u00e9pertorie une autre sorte de coronavirus en 2014, d\u00e9couverte chez le dauphin. Une version de cet article est parue dans In Vivo magazine (no 8).<\/p>\n
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