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\u00abChaque individu baigne en permanence dans une vaste soupe de micro-organismes.\u00bb C\u2019est l\u2019image que Thierry Calandra, chef du Service des maladies infectieuses au CHUV, utilise pour expliquer que l\u2019\u00eatre humain se compose en bonne partie de microbes. Pourtant, la science n\u2019en sait que tr\u00e8s peu sur ces visiteurs invisibles, estim\u00e9s \u00e0 100 billions chez chacun (100\u2019000 milliards), soit dix fois plus nombreux que les cellules humaines, pour un poids total de quelque 2 kg. Pour y rem\u00e9dier, un vaste projet d\u2019\u00e9tude baptis\u00e9 Human Microbiome Project (HMP) a \u00e9t\u00e9 entam\u00e9 en 2007.<\/p>\n
Lanc\u00e9 par les Instituts am\u00e9ricains de la sant\u00e9 (NIH), ce programme de longue haleine \u00e0 195 millions de dollars vise \u00e0 recenser les microbes, et \u00e0 d\u00e9crypter leur g\u00e9nome pour comprendre la fa\u00e7on dont ils affectent l\u2019\u00eatre humain. Un travail de fourmi qui ouvre des perspectives prometteuses en mati\u00e8re de nouveaux traitements.<\/p>\n
Cette quantit\u00e9 gigantesque de microbes n\u2019a pas de quoi affoler: loin d\u2019agresser l\u2019organisme, les microbes contribuent \u00e0 sa protection. \u00abL\u2019essentiel de ces micro-organismes aide le corps \u00e0 conserver son \u00e9quilibre de fonctionnement, explique Thierry Calandra. Mieux, il \u00e9duque en permanence le syst\u00e8me immunitaire pour permettre \u00e0 notre corps de leur faire face.\u00bb Au point que la cohabitation entre un h\u00f4te humain et les micro-organismes qui le colonisent prend des allures de partenariat strat\u00e9gique. Certains microbes constituent une premi\u00e8re ligne de d\u00e9fense, s\u2019attaquant aux pathog\u00e8nes ou les emp\u00eachant de se d\u00e9velopper. Des fortifications fragiles: une modification de l\u2019alimentation, un voyage, un traitement antibiotique peuvent perturber la finesse de cet \u00e9quilibre et renforcer le risque d\u2019infection ou d\u2019inflammation.<\/p>\n
Peut-on faire volontairement \u00e9voluer cet \u00e9quilibre, dans un but pr\u00e9ventif ou curatif? \u00abC\u2019est d\u00e9j\u00e0 le cas, note Thierry Calandra. On sait de longue date qu\u2019une transplantation de mati\u00e8res f\u00e9cales issues d\u2019un individu sain vers un patient atteint de diarrh\u00e9es contribue \u00e0 son r\u00e9tablissement.\u00bb <\/p>\n
En affinant leur connaissance des influences crois\u00e9es entre le monde microbien et notre organisme, microbiologistes et m\u00e9decins peuvent esp\u00e9rer r\u00e9duire \u00e0 terme certains risques, voire traiter diff\u00e9rentes pathologies en proc\u00e9dant \u00e0 des \u00abr\u00e9glages\u00bb du microbiote. Les \u00e9tudes engag\u00e9es laissent entrevoir des possibilit\u00e9s consid\u00e9rables dans des domaines vari\u00e9s: psoriasis, maladie de Crohn, ob\u00e9sit\u00e9, colites ulc\u00e9reuses, allergies, acn\u00e9\u2026 Le potentiel est immense, mais \u00abla complexit\u00e9 de cette \u00e9quation \u00e0 inconnues multiples ne permet pas de savoir quand nous pourrons passer \u00e0 des applications cliniques concr\u00e8tes\u00bb, souligne Thierry Calandra. <\/p>\n
Si les chercheurs travaillent sans rel\u00e2che, la route est encore longue: le HMP comptabilise plus de 2\u2019600 projets au r\u00e9f\u00e9rencement du g\u00e9nome microbien. Seuls 15 d\u2019entre eux sont \u00e0 ce jour consacr\u00e9s \u00e0 la recherche de corr\u00e9lations entre le microbiome et la sant\u00e9 humaine. Une lenteur qui s\u2019explique par la complexit\u00e9 des protocoles et par un effort d\u2019indexation hors du commun: alors qu\u2019un humain compte 20\u2019000 g\u00e8nes environ, les 80 laboratoires impliqu\u00e9s dans le HMP ont d\u00e9j\u00e0 recens\u00e9 8 millions de g\u00e8nes microbiens en 6 ans seulement.<\/p>\n
Au-del\u00e0 des perspectives th\u00e9rapeutiques, les travaux du HMP contribuent \u00e0 affiner lentement la connaissance du microbiote, battant en br\u00e8che certaines id\u00e9es re\u00e7ues. \u00abLa plupart des microbes sont soit utiles, soit inoffensifs\u00bb, explique Amelio Telenti, professeur \u00e0 l\u2019Institut de microbiologie du CHUV. Ceux qui pullulent dans nos intestins assurent ainsi des fonctions digestives essentielles: des bact\u00e9ries y d\u00e9composent certains glucides et favorisent l\u2019absorption par l\u2019organisme de la tr\u00e8s indispensable vitamine K.<\/p>\n
Cette cohabitation complexe de centaines d\u2019esp\u00e8ces diff\u00e9rentes fait de chaque \u00eatre humain un macrocosme peupl\u00e9 d\u2019un microcosme particulier: \u00abA terme, nous pourrions probablement identifier un individu en analysant l\u2019ensemble de sa flore\u00bb, pr\u00e9cise Amelio Telenti. En th\u00e9orie du moins: \u00abLe microbiote d\u2019un \u00eatre humain change en permanence en fonction de l\u2019\u00e2ge, de l\u2019environnement, de l\u2019alimentation. Ce qui ne facilite pas la recherche.\u00bb Avant que des policiers ne passent de la rel\u00e8ve des empreintes digitales \u00e0 celle d\u2019un \u00e9chantillon de flore intestinale, il risque donc de s\u2019\u00e9couler encore un peu de temps.
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Une version de cet article est parue dans le magazine IN VIVO.<\/p>\n