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Vous voyez votre corps comme une entit\u00e9 bien d\u00e9finie, bien d\u00e9limit\u00e9e — un territoire marqu\u00e9 par votre ADN? Grossi\u00e8re erreur. Vous n\u2019\u00eates pas seul, et de loin. Dans votre corps et \u00e0 sa surface pullulent au grand minimum plus de cent billions de microbes \u00e9trangers, soit dix \u00e0 cent fois plus que de cellules humaines. <\/p>\n
Dans notre estomac et sur notre peau vivraient un ou deux milliers d\u2019esp\u00e8ces de bact\u00e9ries, pour un poids total de quelque deux kilos. Si les nouveaux-n\u00e9s naissent vraisemblablement st\u00e9riles, nous d\u00e9veloppons d\u00e8s le premier jour une flore intestinale individuelle. Comment croire encore \u00e0 la notion d\u2019individu? <\/p>\n
L\u2019homo sapiens en tant qu\u2019esp\u00e8ce isol\u00e9e est un concept abstrait, voir d\u00e9suet. Il faut d\u00e9sormais se voir comme un v\u00e9ritable \u00e9cosyst\u00e8me, une cohabitation forc\u00e9e mais heureuse avec une multitude de bact\u00e9ries, virus et autres champignons.<\/p>\n
Se laver les mains et se brosser les dents n\u2019y changera donc rien: jamais vous ne vous d\u00e9barrasserez de ces microbes. <\/p>\n
Tant mieux d\u2019ailleurs, car nos h\u00f4tes, loin d\u2019\u00eatre des ennemis porteurs de maladies, jouent des r\u00f4les essentiels dans notre fonctionnement. \u00abDans nos intestins, des bact\u00e9ries d\u00e9gradent des toxines, d\u2019autres transforment en \u00e9nergie la cellulose des plantes, indique Karen Nelson, directrice du campus de Maryland du J. Craig Venter Institute et sp\u00e9cialiste du \u00abmicrobiote\u00bb humain. Sans ces bact\u00e9ries, manger de la salade n\u2019apporterait pas la moindre calorie!\u00bb <\/p>\n
Et sur la peau, d\u2019autres microbes nous aideraient \u00e0 maintenir un pH constant ou nous prot\u00e8geraient d\u2019agents pathog\u00e8nes. Au conditionnel, car ces \u00e9trangers qui nous habitent restent encore tr\u00e8s mal connus: tr\u00e8s difficiles \u00e0 multiplier en culture, ils sont jusqu\u2019\u00e0 pr\u00e9sent pass\u00e9s entre les mailles des filets des scientifiques. Au final, une situation paradoxale: l\u2019homme conna\u00eet mieux certaines bact\u00e9ries extr\u00eamophiles florissant pr\u00e8s des volcans sous-marins que les nombreux h\u00f4tes qui colonisent nos intestins.<\/p>\n
Cela va changer. Embo\u00eetant le pas \u00e0 son Human Genome Project, le National Institutes of Health am\u00e9ricain a lanc\u00e9 en 2007 le Human Microbiome Project (HMP). Cet effort de cinq ans et 115 millions de dollars s\u2019attaque au d\u00e9cryptage du g\u00e9nome des microbes humains pour enfin les cataloguer et mieux comprendre leur fonctionnement. Car pour l\u2019instant, m\u00eame le nombre d\u2019esp\u00e8ces reste mal connu. En ligne de mire: des maladies suspect\u00e9es d\u2019\u00eatre li\u00e9es \u00e0 des dysfonctionnement de notre flore microbienne, telles que le diab\u00e8te, l\u2019asthme, les ulc\u00e8res ou encore l\u2019ob\u00e9sit\u00e9 (lire le compl\u00e9ment ci-dessous).<\/p>\n
En 2010, le consortium am\u00e9ricain annonce ses premiers r\u00e9sultats et publie dans \u00abScience\u00bb le g\u00e9nome de 178 microbes que les chercheurs ont r\u00e9ussi \u00e0 cultiver apr\u00e8s leur pr\u00e9l\u00e8vement dans le tube digestif, la bouche, la peau, le nez et le vagin. \u00abNous n’en sommes encore qu’au tout d\u00e9but, avec le catalogage des g\u00e8nes et la construction d\u2019un arbre phylog\u00e9n\u00e9tique pour ordonner les esp\u00e8ces, explique Karen Nelson, coordinatrice principale de l\u2019article. Ce premier r\u00e9sultat concerne des personnes saines. La prochaine \u00e9tape impliquera des patients malades afin de trouver des corr\u00e9lations entre pathologies, g\u00e8nes et flore intestinale. Notre but consiste \u00e0 d\u00e9nombrer au moins 900 esp\u00e8ces.\u00bb <\/p>\n
Pour classer les esp\u00e8ces, les scientifiques suivent une approche technique standard en taxinomie: ils se concentrent sur le g\u00e8ne 16S, un segment d\u2019ADN contenu dans les ribosomes (et non pas dans le noyau des cellules). Une diff\u00e9rence d\u2019au moins 2% sur les 1500 bases composant le g\u00e8ne d\u00e9finit alors une nouvelle esp\u00e8ce.<\/p>\n
Mais c\u2019est \u00e0 BGI, un champion chinois en s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique, que l\u2019on doit les chiffres les plus spectaculaires, publi\u00e9s en mars 2010 dans \u00abNature\u00bb. En analysant les f\u00e8ces de 124 Europ\u00e9ens, les chercheurs ont recens\u00e9 plus de 3.3 millions de g\u00e8nes microbiens — soit cent cinquante fois plus que le nombre de g\u00e8nes humains, estim\u00e9 entre 20\u2019000 et 25’000. \u00abCette \u00e9tude a proc\u00e9d\u00e9 en vrac par \u00abm\u00e9tag\u00e9nomique\u00bb, commente Karen Nelson, c’est-\u00e0-dire par l\u2019analyse de tous les g\u00e8nes trouv\u00e9s dans l\u2019\u00e9chantillon. On tente ensuite de d\u00e9finir empiriquement les esp\u00e8ces en s\u2019appuyant sur des techniques statistiques et bioinformatiques.\u00bb <\/p>\n
Les chercheurs estiment avoir identifi\u00e9 quelque 85% de toutes les bact\u00e9ries pr\u00e9sentes chez leurs sujets: un millier d\u2019esp\u00e8ces diff\u00e9rentes, dont 160 largement partag\u00e9es entre les individus. Notre flore se r\u00e9v\u00e8le individuelle et r\u00e9gionale. \u00abOn pourrait imaginer qu\u2019un jour un excr\u00e9ment permette d\u2019identifier une personne\u00bb, ajoute Karen Nelson. <\/p>\n
L\u2019\u00e9tude g\u00e9n\u00e9tique de nos microbes sera grandement encourag\u00e9e par la baisse vertigineuse des co\u00fbts du s\u00e9quen\u00e7age: un g\u00e9nome humain revient aujourd\u2019hui \u00e0 quelques dizaines de milliers de dollars, alors qu\u2019il avait co\u00fbt\u00e9 300 millions de dollars en 2003. Mais la t\u00e2che sera titanesque: analyser, identifier et classer ces milliers de sous-locataires — et surtout comprendre ce qu\u2019ils font au juste chez nous. Arthur Rimbaud avait bien raison: \u00abJe est un autre\u00bb.
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Flore intestinale et ob\u00e9sit\u00e9: comment y voir plus clair<\/strong><\/p>\n Les personnes ob\u00e8ses poss\u00e8dent une flore intestinale diff\u00e9rente de celles d\u2019individus minces. Pour d\u00e9terminer si nos microbes contribuent \u00e0 l\u2019ob\u00e9sit\u00e9, Jeffrey Gordon de la Washington University School of Medicine a proc\u00e9d\u00e9 \u00e0 une remarquable s\u00e9rie d\u2019exp\u00e9riences. <\/p>\n Deux types de flores intestinales ont d\u2019abord \u00e9t\u00e9 transf\u00e9r\u00e9s dans des souris st\u00e9riles (sans germes). \u00abLa premi\u00e8re a \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9e sur des souris minces, explique le chercheur contact\u00e9 par email. La seconde provient d\u2019animaux ob\u00e8ses, et les r\u00e9cipients ont alors commenc\u00e9 \u00e0 accumuler de la graisse.\u00bb La flore intestinale d\u2019un animal gras peut donc induire l\u2019ob\u00e9sit\u00e9 chez un cong\u00e9n\u00e8re mince \u00e0 l\u2019origine.<\/p>\n Mais l\u2019histoire est plus complexe. Les chercheurs ont ensuite travaill\u00e9 avec des souris \u00abhumanis\u00e9es\u00bb par la transplantation d\u2019une flore intestinale humaine. Deux types d\u2019alimentations leur ont \u00e9t\u00e9 donn\u00e9: soit un r\u00e9gime \u00absain\u00bb (pauvre en graisse et contenant des sucres complexes tels que l\u2019amidon ou la cellulose), soit un r\u00e9gime riche de type occidental (graisse abondante et sucres simples comme le glucose ou le fructose). R\u00e9sultat: le r\u00e9gime gras a d\u00e9clench\u00e9 chez les rongeurs une prise de poids ainsi que des changements de leur flore intestinale. <\/p>\n \u00abDans une derni\u00e8re \u00e9tape, nous avons transf\u00e9r\u00e9e la flore de ces souris humanis\u00e9es \u00e0 des rongeurs st\u00e9riles, poursuit Jeffrey Gordon. Nous avons observ\u00e9 une diff\u00e9rence: les souris ayant h\u00e9rit\u00e9 la flore provenant du r\u00e9gime riche ont accumul\u00e9 plus de graisse que dans le cas du r\u00e9gime sain.\u00bb Une version de cet article est parue dans Reflex Magazine (no 11).<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Dix fois plus de microbes vivent dans notre corps que de cellules humaines. Arm\u00e9s de la g\u00e9n\u00e9tique, les chercheurs commencent enfin \u00e0 conna\u00eetre ces \u00e9trangers qui vivent en nous.<\/p>\n","protected":false},"author":19478,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[5],"tags":[],"class_list":["post-3283","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-latitude","latitude"],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/3283","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/19478"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=3283"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/3283\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=3283"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=3283"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/largeur.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=3283"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}
\nEn r\u00e9sum\u00e9: un r\u00e9gime riche en graisse peut changer la flore intestinale et induire ainsi une accumulation suppl\u00e9mentaire de graisse. Pour Karen Nelson, \u00abentre l\u2019ob\u00e9sit\u00e9 et les microbes humains, c\u2019est l\u2019histoire de l\u2019\u0153uf et la poule\u00bb.
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