Une des cl\u00e9s de l\u2019adaptation des virus se trouve dans leur capacit\u00e9 \u00e0 muter. Pendant la r\u00e9plication des virus dans les cellules infect\u00e9es, de petites modifications du g\u00e9nome viral peuvent appara\u00eetre \u00e0 cause d\u2019erreurs de copie\u200a: les mutations. Si la majorit\u00e9 d\u2019entre elles n\u2019ont pas d\u2019effets sur les virus ou s\u2019av\u00e8rent d\u00e9l\u00e9t\u00e8res, les mutations qui leur apportent un avantage seront retenues par la s\u00e9lection naturelle. Elles peuvent permettre aux virus d\u2019infecter de mani\u00e8re tr\u00e8s cibl\u00e9e leur h\u00f4te ou de passer la barri\u00e8re des esp\u00e8ces, d\u2019\u00e9chapper au syst\u00e8me immunitaire et de r\u00e9sister aux traitements ou aux vaccins. Dans le cas du SARS-CoV-2, qui avait vraisemblablement pour h\u00f4te principal une chauve- souris, les mutations ont favoris\u00e9 son adaptation aux r\u00e9cepteurs des cellules humaines et probablement sa capacit\u00e9 d\u2019infection et de pathog\u00e9nicit\u00e9. Depuis, de nouvelles mutations sont apparues, notamment sur des g\u00e8nes codants pour la prot\u00e9ine Spike, la \u00ab\u200acl\u00e9\u200a\u00bb permettant de p\u00e9n\u00e9trer dans les cellules. Ces variants apparus au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Br\u00e9sil semblent se propager plus rapidement que le variant initial.<\/p>\n
Les virus de la grippe aussi s\u2019adaptent par mutations. En changeant fr\u00e9quemment leurs antig\u00e8nes (les mol\u00e9cules qui d\u00e9clenchent la r\u00e9ponse immunitaire), ils restent infectieux. C\u2019est pourquoi de nouveaux vaccins sont cr\u00e9\u00e9s chaque ann\u00e9e, afin de s\u2019adapter aux variations d\u2019antig\u00e8nes. Mais parfois, un changement beaucoup plus brutal a lieu chez les virus de la grippe. Lorsque deux virus diff\u00e9rents infectent la m\u00eame cellule, ils peuvent \u00e9changer des fragments de leur g\u00e9nome et, cr\u00e9er un nouvel assortiment g\u00e9n\u00e9tique. Un virus in\u00e9dit fait d\u00e8s lors, son apparition, \u00e9chappant \u00e0 la reconnaissance du syst\u00e8me immunitaire. \u00ab\u200aCes r\u00e9assortiments sont \u00e0 l\u2019origine des grandes \u00e9pid\u00e9mies de grippe\u200a\u00bb, explique Gilbert Greub, directeur de l\u2019Institut de microbiologie de l\u2019Universit\u00e9 de Lausanne et m\u00e9decin-chef des laboratoires de microbiologie diagnostique du CHUV. \u00ab\u200aLa grippe espagnole de 1918 a caus\u00e9 entre 25\u00a0millions et 100 millions de morts \u00e0 travers le monde. En 1956, il y a eu la grippe asiatique, et en 1968 un nouveau r\u00e9assortiment avec des fragments de virus aviaire a provoqu\u00e9 la grippe de Hong-Kong.\u200a\u00bb Plus proches de nous, les grippes aviaires se d\u00e9clarent en 1997 et 2003, et la grippe porcine en 2010, contenant des fragments de virus aviaires, porcins et humains.<\/p>\n
Strat\u00e9gies d\u2019infection <\/strong><\/p>\n Pour survivre, certains virus utilisent la strat\u00e9gie hit and run (litt\u00e9ralement\u200a: qui frappe fort et part aussit\u00f4t). Ils se multiplient tr\u00e8s rapidement et d\u00e9truisent la cellule, provoquant une inflammation importante. Ils doivent ensuite s\u2019\u00e9chapper et trouver un nouvel h\u00f4te avant de se faire attaquer par le syst\u00e8me immunitaire ou que l\u2019h\u00f4te ne meure. Cela peut se faire par la voie respiratoire, comme pour les coronavirus, la grippe ou la rougeole, par une morsure d\u2019animal pour la rage, ou via les s\u00e9cr\u00e9tions pour Ebola. L\u2019infection est donc hautement transmissible et aigu\u00eb, c\u2019est-\u00e0-dire que les virus provoquent rapidement des sympt\u00f4mes.<\/p>\n Dans la strat\u00e9gie alternative, le virus frappe moins fort\u2026 et reste. Il persiste dans les cellules de l\u2019h\u00f4te dans un \u00e9tat de latence, sans se multiplier, parfois en s\u2019int\u00e9grant \u00e0 son g\u00e9nome. Dans cette situation, le virus doit trouver un \u00e9quilibre pour ne pas \u00eatre trop virulent au risque de tuer l\u2019h\u00f4te, et rester discret pour \u00e9chapper au syst\u00e8me immunitaire. Mais au cours de son existence, le virus peut se r\u00e9activer. C\u2019est le cas de l\u2019herp\u00e8s, qui se r\u00e9active quand notre immunit\u00e9 baisse, provoquant les boutons de fi\u00e8vre. Le virus de la varicelle peut aussi se r\u00e9activer des ann\u00e9es plus tard et causer un zona. Ce type d\u2019infection est donc chronique (de longue dur\u00e9e) et peu ou pas transmissible en p\u00e9riode de latence.<\/p>\n Passer d\u2019une personne \u00e0 l\u2019autre<\/strong><\/p>\n Un autre aspect \u00e0 consid\u00e9rer dans une infection est la contagiosit\u00e9, c\u2019est-\u00e0-dire dans quelle mesure le virus se transmet. Elle d\u00e9pend notamment de la charge virale globale (le nombre de virus dans l\u2019h\u00f4te), de la viabilit\u00e9 du virus hors de l\u2019h\u00f4te, de sa capacit\u00e9 \u00e0 y entrer et du mode de transmission. \u00ab\u200aOn \u00e9value la contagiosit\u00e9 en termes de taux de reproduction R0, qui correspond au nombre de personnes que le virus contamine si rien n\u2019est fait pour l\u2019en emp\u00eacher, explique Gilbert Greub. Pour le SARS-CoV-2, il est d\u2019environ 3, donc chaque personne peut infecter en moyenne trois autres personnes.\u200a\u00bb En comparaison, le R0 de la rougeole est de 12 et celui de la grippe saisonni\u00e8re, 1,5. Heureusement, notre comportement peut faire baisser le taux de reproduction effectif du virus, le Re. Les mesures pr\u00e9ventives r\u00e9alis\u00e9es dans le cadre du Covid-19, comme la distanciation sociale, l\u2019hygi\u00e8ne des mains ou le port du masque r\u00e9duisent le risque de transmettre le virus. Quand le Re passe en dessous de 1, cela signifie que le nombre de nouvelles infections diminue. Autre facteur qui peut faire varier la contagiosit\u00e9 mais sur lequel nous n\u2019avons pas de contr\u00f4le\u200a: les saisons. En \u00e9t\u00e9, le Re du SARS-CoV-2 est plus bas car il persiste moins dans l\u2019air chaud et humide. De plus, nous passons plus de temps \u00e0 l\u2019ext\u00e9rieur. C\u2019est l\u2019inverse en hiver.<\/p>\n \u00c9radiquer les virus ou s\u2019adapter<\/strong><\/p>\n Nous avons appris \u00e0 vivre avec de nombreux virus et su nous adapter \u00e0 eux, comme celui de la grippe, rappelle Gilbert Greub\u200a: \u00ab\u200aNous la subissons g\u00e9n\u00e9ralement d\u00e8s l\u2019enfance sans trop de probl\u00e8mes et des vaccins existent pour prot\u00e9ger les personnes \u00e0 risque. Nous allons probablement devoir vivre aussi avec le SARS-CoV-2, en essayant de le contenir et de proposer un vaccin aux personnes \u00e0 risque, qu\u2019il faudra adapter en fonction de l\u2019\u00e9volution du virus et des variants qui circulent.\u200a\u00bb \u00c0 ce jour, la variole est la seule maladie caus\u00e9e par un virus qui a \u00e9t\u00e9 \u00e9radiqu\u00e9e, en 1980. Des stocks de ce virus sont toutefois encore conserv\u00e9s dans deux laboratoires de confinement renforc\u00e9 pour \u00eatre \u00e9tudi\u00e9s. La poliomy\u00e9lite est \u00e9galement sur cette voie, puisque le virus a \u00e9t\u00e9 d\u00e9clar\u00e9 \u00e9radiqu\u00e9 d\u2019Afrique par l\u2019OMS en ao\u00fbt 2020 et ne subsiste plus qu\u2019au Pakistan et en Afghanistan. Pour tous les autres, nous n\u2019avons eu d\u2019autre choix que de nous adapter en d\u00e9veloppant des mesures pr\u00e9ventives, des vaccins et des traitements pour limiter les transmissions et les effets de la maladie.<\/p>\n Pourquoi l\u2019\u00e9radication de la variole a-t-elle \u00e9t\u00e9 possible, contrairement aux autres virus\u200a? Tout d\u2019abord, la variole n\u2019avait qu\u2019un seul r\u00e9servoir\u200a: le virus ne se multipliait que chez les humains. Le SARS-CoV-2, lui, en a plusieurs (chauve-souris et pangolin), ce qui augmente les chances qu\u2019il resurgisse et contamine \u00e0 nouveau l\u2019\u00eatre humain. Ensuite, la variole se manifestait par des sympt\u00f4mes typiques et facilement d\u00e9tectables\u200a: des pustules sur tout le corps. En revanche, les sympt\u00f4mes du Covid-19 (toux, fi\u00e8vre) ne sont pas propres \u00e0 cette maladie, ce qui complique son identification, et environ un tiers des personnes infect\u00e9es sont asymptomatiques. Dans le cas du VIH, les premiers sympt\u00f4mes ne se d\u00e9clarent qu\u2019apr\u00e8s une longue p\u00e9riode de latence, le virus peut donc se transmettre alors qu\u2019il est ind\u00e9tectable. De plus, son infection est chronique, ce qui rend l\u2019\u00e9radication plus difficile. Un autre facteur d\u00e9terminant est la stabilit\u00e9 du g\u00e9nome viral. Les virus compos\u00e9s d\u2019ADN, comme celui de la variole, sont tr\u00e8s stables, alors que le VIH, compos\u00e9 d\u2019ARN, mute tr\u00e8s souvent, ce qui complique la cr\u00e9ation d\u2019un vaccin. \u00ab\u200aPlus globalement, pour \u00e9radiquer un virus, il faut un effort collectif, une volont\u00e9 politique et une stabilit\u00e9 g\u00e9opolitique, notamment pour conduire les programmes de vaccination au niveau mondial.\u200a\u00bb<\/p>\n Nouvelles pratiques \u00e0 long terme <\/strong><\/p>\n Les impacts actuels du Covid-19 sur la recherche, les pratiques cliniques et la soci\u00e9t\u00e9 pourraient s\u2019\u00e9tendre, estime Oriol Manuel, m\u00e9decin adjoint au Service des maladies infectieuses et au centre de transplantation du CHUV\u200a: \u00ab\u200aNous avons compris la n\u00e9cessit\u00e9 d\u2019avoir un syst\u00e8me de sant\u00e9 publique solide et l\u2019importance de la recherche et de la collaboration scientifiques. De ce fait, il y aura une surveillance plus \u00e9troite de ce genre de virus afin de le contr\u00f4ler de fa\u00e7on plus pr\u00e9coce.\u200a\u00bb La recherche innovante ayant conduit aux vaccins contre le SARS-CoV-2 pourrait aussi servir de plateforme pour d\u00e9velopper de nouveaux vaccins contre la grippe et d\u2019autres virus respiratoires.<\/p>\n Les \u00e9tudes cliniques multicentriques qui se sont r\u00e9v\u00e9l\u00e9es tr\u00e8s utiles pour tester des traitements anti-Covid-19 le seront aussi dans d\u2019autres situations. Appliqu\u00e9es selon un protocole identique et en m\u00eame temps dans diff\u00e9rents pays, elles ont l\u2019avantage de r\u00e9unir un grand nombre de patients.<\/p>\n En milieu hospitalier, l\u2019utilisation des gestes barri\u00e8res et le port du masque vont probablement perdurer dans le contact avec les patients, afin d\u2019\u00e9viter la contagion avec d\u2019autres virus respiratoires ou celui de la grippe. Dans la soci\u00e9t\u00e9, aussi\u200a: \u00ab\u200aLes personnes \u00e0 risque pourraient continuer de porter un masque et elles ne seront plus stigmatis\u00e9es pour cela.\u200a\u00bb<\/p>\n Des virus utiles<\/strong><\/p>\n Environ 200 esp\u00e8ces de virus sont capables de nous infecter. Une poign\u00e9e parmi les milliers, si ce n\u2019est les millions qui existent, mais qui accaparent notre attention en raison des maladies qu\u2019ils peuvent provoquer. Cependant, les virus ne se limitent pas \u00e0 leur statut de pathog\u00e8nes et certains sont b\u00e9n\u00e9fiques aux humains. Ils font d\u2019ailleurs partie de notre microbiote intestinal, m\u00eame si leur r\u00f4le est mal connu. La majorit\u00e9 d\u2019entre eux sont des phages, des virus qui infectent les bact\u00e9ries. Sur le plan th\u00e9rapeutique, les phages peuvent \u00eatre utilis\u00e9s contre les infections bact\u00e9riennes, c\u2019est int\u00e9ressant dans le contexte des r\u00e9sistances aux antibiotiques. De plus, ils pourraient \u00eatre adapt\u00e9s pour cibler uniquement certaines bact\u00e9ries pathog\u00e8nes, alors que les antibiotiques tuent aussi des bact\u00e9ries utiles.<\/p>\n Certains virus jouent \u00e9galement un r\u00f4le important dans l\u2019\u00e9volution des esp\u00e8ces, comme les r\u00e9trovirus, capables d\u2019int\u00e9grer leur g\u00e9nome dans celui de leur h\u00f4te. Quand cela se produit dans une cellule reproductrice, ce g\u00e9nome viral peut \u00eatre transmis \u00e0 la descendance. Ainsi, 8% de notre patrimoine g\u00e9n\u00e9tique serait issu de r\u00e9trovirus. Certaines s\u00e9quences, devenues vitales, seraient notamment \u00e0 l\u2019origine de la formation du placenta chez les mammif\u00e8res comme nous.<\/p>\n D\u2019autres virus pourraient avoir des effets b\u00e9n\u00e9fiques contre des infections ou maladies. Le Pegivirus, totalement b\u00e9nin, aurait un effet protecteur chez des personnes co-infect\u00e9es par le VIH ou Ebola. Des exp\u00e9riences sur les souris ont aussi montr\u00e9 que des virus de l\u2019herp\u00e8s prot\u00e9geaient les rongeurs contre les bact\u00e9ries causant la peste et la list\u00e9riose. Plus r\u00e9cemment, des scientifiques ont d\u00e9couvert des virus oncolytiques, capables de d\u00e9truire les cellules canc\u00e9reuses et qui pourraient \u00eatre utilis\u00e9s comme th\u00e9rapies anticanc\u00e9reuses.<\/p>\n Plus largement, \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de la plan\u00e8te, les virus jouent un r\u00f4le important dans les \u00e9cosyst\u00e8mes et le maintien de la biodiversit\u00e9. Par exemple, les phages contr\u00f4lent la population microbienne dans les oc\u00e9ans, qui repr\u00e9sente 90% de la biomasse. En d\u00e9truisant une partie des bact\u00e9ries, ils assurent le recyclage des nutriments n\u00e9cessaires au phytoplancton qui produit la moiti\u00e9 de l\u2019oxyg\u00e8ne que nous respirons.<\/p>\n Qu\u2019ils soient mena\u00e7ants, utiles ou myst\u00e9rieux, les virus ont su s\u2019imposer dans tous les recoins de la terre et font partie des \u00e9cosyst\u00e8mes. Aujourd\u2019hui, seule une fraction de leur diversit\u00e9 nous est connue. \u00c0 travers la recherche, nous pouvons trouver comment nous prot\u00e9ger des virus mortels, pr\u00e9venir leur \u00e9mergence et exploiter ceux qui pourraient nous \u00eatre b\u00e9n\u00e9fiques.<\/p>\n _______<\/p>\n Une version de cet article r\u00e9alis\u00e9 par Large Network est parue dans In Vivo magazine (no 22).<\/p>\n![\"\"](\"https:\/\/largeur.com\/wp-content\/uploads\/2021\/05\/Largeur_210521_02.jpg\")
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