Inaugur\u00e9 en juin 2019, le BICC est n\u00e9 de la volont\u00e9 d\u2019utiliser au mieux le potentiel de cette nouvelle science, tout en contournant les \u00e9cueils qui surviennent forc\u00e9ment lorsque plusieurs disciplines se rencontrent. \u00ab\u200aLa plupart des scientifiques s\u2019accordent \u00e0 dire qu\u2019il n\u2019est plus possible de faire de la recherche sans le recours \u00e0 l\u2019informatique, note le directeur. Reste que pour un professeur de biologie, il peut \u00eatre compliqu\u00e9 de superviser le travail des bio-informaticiens, par manque de connaissances techniques.\u200a\u00bb<\/p>\n
C\u2019est l\u00e0 qu\u2019intervient le BICC. Dot\u00e9e de six collaborateurs, cette structure \u2013 qui a vu le jour dans la continuit\u00e9 de la nouvelle Division calcul et soutien \u00e0 la recherche de l\u2019UNIL \u2013 met \u00e0 la disposition des chercheurs les comp\u00e9tences d\u2019un (ou de plusieurs) bio-informaticien \u00e0 temps partiel, qui se charge de tous les aspects li\u00e9s au traitement et \u00e0 l\u2019analyse des donn\u00e9es. Les prestations peuvent se limiter \u00e0 quelques jours dans le cadre d\u2019analyses ponctuelles ou s\u2019\u00e9tendre sur des p\u00e9riodes beaucoup plus longues lors de projets importants.<\/p>\n
\u00ab\u200aD\u2019une certaine mani\u00e8re, le fonctionnement du BICC s\u2019inspire du secteur priv\u00e9, notamment de ce qui se fait dans la pharma, rapporte le biologiste. Les domaines de recherche sont certes stratifi\u00e9s, mais il existe des projets transversaux regroupant un sp\u00e9cialiste de chaque discipline.\u200a\u00bb Dans cette logique, la structure de l\u2019UNIL propose \u00e0 ses groupes de chercheurs, \u00e0 ceux de l\u2019EPFL et du CHUV, des profils de comp\u00e9tences tr\u00e8s vari\u00e9s\u200a: \u00ab\u200aC\u2019est l\u2019int\u00e9r\u00eat de mettre plusieurs bio-informaticiens sur le coup.\u200a\u00bb<\/p>\n
![\"\"](\"https:\/\/largeur.com\/wp-content\/uploads\/2020\/08\/Largeur_180820.jpg\")
<\/p>\n
Cytom\u00e9trie de flux et immunoth\u00e9rapie<\/strong><\/p>\n Malgr\u00e9 le jeune \u00e2ge du BICC, ses collaborateurs sont d\u00e9j\u00e0 impliqu\u00e9s dans plus d\u2019une dizaine de projets prometteurs de recherche. Dans ce cadre, ils ont trait\u00e9 ou d\u00e9velopp\u00e9 des programmes sp\u00e9cifiques. De puissants algorithmes ont notamment \u00e9t\u00e9 appliqu\u00e9s sur des dizaines de millions de cellules analys\u00e9es par cytom\u00e9trie de flux dans un groupe du D\u00e9partement d\u2019oncologie UNIL CHUV. Cette m\u00e9thode permet d\u2019\u00e9valuer les prot\u00e9ines de la membrane cellulaire, les prot\u00e9ines intracellulaires ainsi que les peptides et l\u2019ADN. En utilisant ce proc\u00e9d\u00e9, un nouveau type de population cellulaire a pu \u00eatre isol\u00e9, qui avait \u00e9chapp\u00e9 aux proc\u00e9dures d\u2019analyse standards recommand\u00e9es jusqu\u2019alors. \u00ab\u200aLa quantit\u00e9 relative des divers types de cellules immunitaires pr\u00e9sentes dans le sang est utile pour caract\u00e9riser l\u2019\u00e9tat du syst\u00e8me immunitaire d\u2019un patient ou suivre sa r\u00e9action \u00e0 un traitement\u200a\u00bb, explique Nicolas Guex.<\/p>\n Le BICC apporte \u00e9galement son soutien \u00e0 un autre groupe de recherche du D\u00e9partement d\u2019oncologie. \u00ab\u200aLa pr\u00e9sence de cellules immunitaires infiltr\u00e9es dans les tumeurs peut aider dans le choix du meilleur traitement de certains cancers, rapporte le chef du BICC. Le d\u00e9veloppement d\u2019algorithmes sp\u00e9cifiquement calibr\u00e9s pour reconna\u00eetre ces types cellulaires promet non seulement de diminuer le travail manuel des chercheurs, mais aussi d\u2019assurer une reproductibilit\u00e9 des r\u00e9sultats.\u200a\u00bb<\/p>\n Christian Iseli cite, pour sa part, les recherches d\u2019une \u00e9quipe du Service d\u2019urologie du CHUV dans le domaine de l\u2019immunoth\u00e9rapie. \u00ab\u200aPour m\u00e9moire, son principe de base est d\u2019inciter le syst\u00e8me immunitaire \u00e0 attaquer les cellules canc\u00e9reuses, tout en \u00e9pargnant les cellules saines.\u200a\u00bb La comparaison de s\u00e9quences d\u2019ADN obtenues \u00e0 partir de cellules normales ou tumorales d\u2019un m\u00eame patient permet de d\u00e9terminer des mutations susceptibles de produire des prot\u00e9ines mut\u00e9es pr\u00e9sentes exclusivement dans la tumeur. Ces prot\u00e9ines mut\u00e9es pourraient \u00eatre utilis\u00e9es comme cibles en vue d\u2019un traitement d\u2019immunoth\u00e9rapie. \u00ab\u200aDans le cadre de son projet de d\u00e9termination des prot\u00e9ines mut\u00e9es exploitables pour un traitement, l\u2019\u00e9quipe du CHUV a confi\u00e9 le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 la plateforme GTF de l\u2019UNIL (ndlr\u200a: Lausanne Genomic Technologies Facility) et les analyses au BICC.\u200a\u00bb<\/p>\n Un d\u00e9bat de soci\u00e9t\u00e9 est n\u00e9cessaire<\/strong><\/p>\n Ces trois exemples ne sont que la pointe de l\u2019iceberg. \u00ab\u200aGlobalement, les perspectives offertes par la bio-informatique en termes de sant\u00e9 publique sont \u00e9normes. En effet, elle permet d\u2019analyser les donn\u00e9es plus \u00e0 fond, plus rapidement et de mani\u00e8re reproductible\u200a\u00bb, fait remarquer Nicolas Guex. Encore faut-il \u00ab\u200aque les donn\u00e9es fassent l\u2019objet d\u2019une collecte syst\u00e9matique et structur\u00e9e, que ce soit \u00e0 l\u2019\u00e9chelle suisse ou internationale\u200a\u00bb.\u00a0Le sp\u00e9cialiste souligne qu\u2019en la mati\u00e8re plusieurs pays font bien mieux que le n\u00f4tre, par exemple le Danemark et l\u2019Islande.<\/p>\n Reste qu\u2019\u00e0 une \u00e9poque o\u00f9 la question de la protection des donn\u00e9es est sur toutes les l\u00e8vres, \u00ab\u200ail est important de sensibiliser la population \u00e0 cette th\u00e9matique, en expliquant bien quels types de donn\u00e9es sont collect\u00e9es et pourquoi\u200a\u00bb, pr\u00e9cise Christian Iseli. \u00ab\u200aSurtout, il faut d\u00e9finir quel est le juste milieu entre monitoring \u00e0 outrance et int\u00e9r\u00eat public de la recherche.\u200a\u00bb Et Nicolas Guex de confirmer\u200a: \u00ab\u200aC\u2019est un vrai d\u00e9bat de soci\u00e9t\u00e9 qu\u2019il faut mettre en place\u200a!\u200a\u00bb<\/p>\n _______<\/p>\n Une version de cet article r\u00e9alis\u00e9 par LargeNetwork est parue dans In Vivo magazine (no 20).<\/p>\n