LATITUDES

Les promesses du transfert de microbiote

La transplantation de flore intestinale pourrait un jour soigner les patients atteints de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Explications.

A l’ère de l’intelligence artificielle et de la conquête de l’espace, il est parfois étonnant de voir ressurgir des pratiques ancestrales que l’on croyait enterrées à jamais. C’est le cas du transfert de microbiote ou trans­plantation de flore fécale (TFF). Cette procédure a déjà été rapportée au 4e siècle par des médecins chinois qui faisaient boire des suspensions de selles (appelées «soupe dorée») aux patients pour les guérir de maladies digestives. Aucun médecin n’oserait actuellement pratiquer ce type de thérapie. Et pourtant, lorsqu’on regarde de près à quoi correspond réellement cette procédure, ceci devient moins saugrenu.

«Dans les maladies inflammatoires intes­tinales, le rôle de la flore a été évoqué depuis plusieurs décennies, souligne le docteur Michel Maillard, spécialiste en gastroentérologie et hépatologie au CHUV. Des théories quant à l’existence de mycobactéries atypiques foisonnaient pour expliquer la présence de granulomes. D’autres arguments ont succédé tels que la réponse parfois favorable aux antibiotiques, l’isolation de certaines souches d’E. Coli de pièces de résection chirurgicale ou encore la disparition de l’inflammation colique dans des modèles animaux élevés en condition stérile.»

Ce n’est que récemment que l’on a pu démontrer que le microbiote des patients souffrant de maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI) était anormal. «Cette découverte a ravivé l’engouement de nombreux chercheurs et cliniciens qui cherchent encore actuellement à rétablir l’équilibre bactérien de leurs patients, poursuit Michel Maillard. Le problème est néanmoins de taille puisque l’on sait que notre microbiote se crée durant les trois premières années de vie et reste ensuite relativement stable. Alors que de nombreuses tentatives de traitement par probiotiques ont échouées, la TFF semblait l’unique option valable pour agir de manière significative sur la flore.»

Principe de précaution

«Malgré l’enthousiasme partagé des médecins et des patients pour ce type d’approche, plusieurs zones d’ombre ne permettent pas de pouvoir proposer cette option thérapeutique à l’heure actuelle, indique Michel Maillard. En premier lieu, l’efficacité semble marginale alors que la procédure est lourde (une endo­scopie par semaine y inclut la préparation colique et l’infusion des selles pour 6 semaines). Ensuite, et surtout, aucune donnée actuelle ne permet de dire quels sont les critères de sélection du donneur et quels sont les risques à long terme de cette procédure.»

Lorsqu’on sait que la flore digestive a été associée aux maladies métaboliques mais aussi à certains cancers, il semble plus que raisonnable d’adopter le principe de précaution. «Finalement, les données actuelles sont essentiellement disponibles pour la colite ulcéreuse, mais nous n’avons que très peu d’études sur la maladie de Crohn, ajoute le spécialiste. Il est fort probable que la situation serait encore plus complexe en fonction de la localisation de la maladie. Est-ce qu’une maladie iléale serait soignable par TFF? Ou même une atteinte segmentaire colique? Les études futures devraient donc inclure des patients avec une expression de leur maladie similaire.»

Ainsi, les données actuelles suggèrent que la flore joue un rôle important de «stabilisateur» de notre système immunitaire. De futures stratégies thérapeutiques pourraient consi­dérer la TFF chez les patients en rémission afin de limiter leur risque de récidive et non pas, comme étudié actuellement, lors de la phase active. On pourrait alors imaginer des stratégies combinant une immunosuppres­sion avec une TFF. Finalement, une meilleure analyse des composants bénéfiques de la flore digestive normale permettrait également une standardisation des préparations bactériennes et l’avènement de probiotiques de nouvelle génération.

«Nous réalisons la transplantation fécale au CHUV depuis 2014 pour l’indication stricte: Colite à C. difficile, réfractaire ou récidivante, résume Michel Maillard. Nous voyons les patients conjointement avec l’équipe des maladies infectieuses et bilantons les donneurs selon un protocole inspiré des grands centres.

Jusqu’à présent, nous avons traité une dizaine de cas, mais tous ont été guéris alors qu’aucun antibiotique ne permettait de les soigner. Notre expérience actuelle nous a montré qu’il s’agit d’une procédure lourde, coûteuse et compliquée. Bien que tous les experts en maladies inflam­matoires intestinales soient convaincus du rôle du microbiote dans les MICI, beaucoup avoueront également que les études de trans­plantation fécale pour cette indication sont, au mieux, une preuve de concept loin d’être trans­posable à la pratique quotidienne en cabinet.»

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Le microbiote en chiffres

3 millions
Le nombre de gènes que l’on trouve dans le microbiote intestinal, soit 150 fois plus de gènes que dans le génome humain.

95 %
Le pourcentage du microbiote qui est contenu dans le côlon. Les cinq pourcents restants sont dispersés dans le reste du système digestif.

1000
Le nombre d’espèces bactériennes identifiées dans le microbiote intestinal humain. On n’en compte cependant que 150 à 170 espèces prédominantes chez chaque individu.

100’000
En milliards, le nombre de bactériesqui colonisent l’intestin, soit dix fois plus que le nombre de cellules humaines.

2 kilos
Le poids de l’ensemble des bactéries qui vivent dans l’intestin.

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Une version de cet article est parue dans SwissIBD Insight (no 1 / 2017)